Анатомический музей – не вполне самостоятелен, он обязан своим появлением кафедре нормальной анатомии Крымского медицинского института. Учебное заведение появилось в 1931 г. и тогда же было положено начало здешней коллекции. Особый интерес к ней проявлял профессор Р. Гельвиг. Он был первым ректором Таврического университета (создан в 1918 г.) и деканом медицинского факультета там же.

Музей расположился в здании, тоже непосредственно связанном с медициной. Оно является архитектурным памятником XVIII века. В нем располагался госпиталь, где работал легендарный хирург Н.И.Пирогов.

Изначально центр создавался как рабочая база для студентов-медиков. Они обязаны изучать анатомию на настоящих препаратах – никакие муляжи этого не заменят. Студенты и наши лицеисты  сейчас основные посетители музейных залов.